7月，天京失陷消息传来，部队士气陡然跌落。10月，陈得才部在安徽霍山为僧格林沁所败，其部将马融和等趁机率军7万余人投降。陈得才在绝望中服毒自杀。祜王蓝成春亦被叛降的部属执送清营牺牲。此时江北太平军只剩赖文光一支部队，势孤力单，遂与张宗禹等部捻军合军北走河南。
天京沦陷前，由于太平军抗击和吸引了清军的基本力量，捻军曾有过较为宽松的活动环境。在天京沦陷、太平军主力覆灭后，加之捻军的基地雉河集（在安徽蒙城、亳州间）遭到僧格林沁的剿洗，已无法在家乡立足，他们痛感与太平军合成一体的必要。正如赖文光所说：
其时江北所剩无所归依者数万，皆是蒙、亳之众，其头目任化邦、牛宏升、张宗禹、李蕴泰等，誓同生死，万苦不辞，请予领带……披霜踏雪，以期复国于指日。
经过整编后，部队的面貌焕然一新，太平军与捻军的原有差别不见了。李鸿章说，“蒙、亳捻匪，向以掳掠为生，性多蠢顽，本无大志”，但“自粤逆赖文光与之合伙，以洪杨各逆军法诡谋部勒其众”后，竟成为清王朝的严重威胁，“患几不测”。在江北的太平军余部，如陈得才、蓝成春的旧部及怀王邱远才部纷纷来归。甚至在江南打散了的太平军战士，如原宁波守将首王范汝增等，也秘密渡江来投。
