记账清算还需要收付款双方存款账户的物理连接或网络连接。如果收付款双方都在同一银行（开户行）开立账户，则银行作为中介，可以直接办理转账和记录。但如果收付款双方不在同一银行开户，则还需要其开户银行相互开立清算账户，或者共同在第三方银行开立清算账户（这个银行也叫作“碰头行”）。一般而言，如果大量银行之间直接相互开户，则总体上需要开立的账户会非常多，这不利于账户有效管理。因此，一般首选建立“清算中心”，即所有的银行主要在清算中心（如中央银行或专门的清算机构）开立账户即可。依靠网络运行的非银行支付清算机构，其运行原理同样如此。
记账清算不是收付款双方直接的现金清算，而是通过清算中介、账户信息和收付信息的传递与处理才能完成，这一过程的安全性、便捷性和监控的严密性、有效性，是其存在和发展的关键。因此，监管部门一般都应该对吸收清算存款、作为清算中介的机构，以及清算账户信息维度的充足性和准确性（防止假冒诈骗等）、账户信息载体和信息传输通道的安全性等进行严格审查，形成严格的监管规定。比如，对清算中介的资信情况进行评判和分级管理，对清算机构开立的清算账户进行评判和分级管理，甚至根据不同清算通道和工具的安全性进行分类，相应实行不同的限额管理等，以保证客户信息和资金的安全，防范可能的风险。其中，最基础的账户要求最高，必须由开户申请人与开户承办人当面办理，在承办人监视下填写开户资料，当面核对信息真实相符后才能开立。