1912年，蔡元培被任命为中华民国首任教育总长。将教育分为政治的和非政治的两类，并特别重视美育，是蔡元培教育思想的重要特点。就任教育总长后，蔡元培立即着手制定民国教育方针，除重订学制外，还在文化教育领域首倡反对尊孔读经，罢尊孔拜教，小学废止读经，大学取消经科。他彻底否定了封建教育中“忠君”、“尊孔”的内容，提出国民主义教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育和美感教育五项教育方针。他是我国第一个把美学理论应用于教育的人，后来又提出“以美育代宗教”的著名口号。
1916年底，蔡元培应邀出任北京大学校长。他以“思想自由”、“兼容并包”为办学方针，并向学生约法三章：抱定宗旨，“以研究学术为天职”；砥砺德行；敬爱师友。蔡元培揭开了北大历史的新篇章，造就了一个全新的北大。
蔡元培像
蔡元培聘用进步学者陈独秀、李大钊、胡适、刘半农等来北大任教的同时，也不排斥有学术造诣的旧派人物如辜鸿铭、刘师培、黄侃等。他还整顿教师队伍，裁汰不合格的教员，延聘有真才实学的名家。
