没有任何的犹豫，彩羽尼奥便答应了。踩着雄猿兽“key”的尸体，他成为了魔神堡的二把手。但彩羽尼奥并不是不知道究极魔兽的真面目，只是他也有着他自己的发现：如果能够将小丽的意志带进数码世界，那么就能救回他的妹妹。小丽就可以像原来一样，尽情地奔跑，玩耍。
为了这个目标，彩羽尼奥必须把数码世界变成他的世界才行。他必须支配这个世界，才能够把这个世界作为最好的礼物赠给小丽。但是光靠他一个人是不行的，于是他接受了究极魔兽的邀请，统率着究极魔兽军团，打响了针对神圣的战争。
然而每个人都有他的克星，唯一一个曾与不败的战神彩羽尼奥打成平手的人——八神太一也来到了这个世界。八神太一与搭档V龙兽零丸的组合，总是能产生超出彩羽尼奥完美的计划的奇迹。那一对真正的心灵的伙伴，先后在机械工厂与天空树两度挫败了彩羽尼奥冰冷的计算。
于是彩羽尼奥希望得到更强的力量，只有拥有压倒性的优势，才能够打败这一对组合。为此，彩羽尼奥与究极魔兽开始了培育传说中的超究极体数码兽——阿卡迪兽的计划。为了能够在培育的过程中不被干扰，彩羽尼奥从人类的世界找来了最优秀的三位驯兽师——alias3。
