即便如此，王士珍的地位还在段祺瑞之上。
王士珍33岁的时候，即1894年赴朝与日军作战，崭露头角。
小站练兵时代，他追随袁世凯，为营务会办兼讲武堂总教习。当直隶总督荣禄来检阅的时候，王士珍发明于冰上布桥可供行走如平地，其帆布桥稍加整理又变为小舟，事毕可折叠或拆卸。此公料事如神，故为北洋三杰龙虎狗之首，其智术精警绝伦。袁世凯镇压山东义和团时，以铁血手段处置之，满清贵族勒令其必须以安抚为上。王士珍提出一整套策略，先行劝解，次则武力威迫，最后果断捕杀首要解散胁从，袁氏采纳之，由其参谋山东全省军务。在其策划之下，各路民团死伤惨重。义和团首领且持亲贵令箭见袁氏，袁世凯大感为难，王士珍却满不在乎，出为亲审。其实他并不审问，即推出斩首，袁世凯询问审问进度，答曰已经处决。袁氏大惊，王士珍若无其事，谓罪名为盗窃端王、庄王令箭。袁世凯顿时醒悟，佩服其处事明决。
创造型的幕僚遇事从容不迫，而富于巧不可阶的创意，这是他为龙首的原因。
1901年，世凯编练北洋常备军。王士珍为第六镇统制。
1905年，两万多精锐北洋军集结直隶河间府秋操演练，王世珍为总参议。声势浩大井然有序，中外参观者赞其调度有方。
清帝退位时，他为陆军大臣，黯然返回老家乡居。袁世凯称帝前，请其出山，王氏保守消极，袁克定出马恭请，王又拒之。克定请其火车上相见谈事，说话间车轮已动，形同绑架，到京后获授陆军上将。袁世凯称帝期间，他称病休假。张勋复辟时，他开门迎之，扶持12岁之溥仪登位，这时他是参谋部尚书。段祺瑞马上誓师讨逆，复辟分子四散。王士珍继任陆军总长。