托马斯·阿奎那的经院哲学思想是建立在亚里士多德的哲学思想基础上的。12世纪以后，随着东方阿拉伯文化向西方基督教世界的渗透，亚里士多德的著作及其思想通过阿拉伯哲学家的介绍，开始为西方所认识，并通过中世纪大学的宣讲，得到迅速传播。我们知道，西方基督教哲学主要是以柏拉图的神秘主义哲学思想为基础的，它与亚里士多德主义的区别主要在以下三个方面：柏拉图的神秘主义哲学主要强调“两个世界”论，即理念世界和现实世界，认为前者是真实的，后者是虚假的；“灵魂在先”论，认为灵魂先于肉体存在，灵魂和肉体结合以后才能成为一个人；“灵魂实体”论，即灵魂是独立存在的，肉体死亡以后，灵魂可以离开肉体，回到理念世界。亚里士多德的思想主张则如下：“形式质料”论，认为形式和质料是不可分的，形式不脱离事物，而在事物之内，因而不仅要重视精神世界，还要注重物质世界；“灵魂肉体不可分”论，认为人是由灵魂和肉体组合而成的一个统一的实体，灵魂是肉体的形式，灵魂本身不是一个完全的独立体，它必须与肉体结合才能成为一个独立的实体；“感觉经验”论，认为人的知识来源于自然界和感觉经验，自然界和感官世界是实在的世界，是可以信赖的世界，是我们研究和了解的对象。人通过对感官经验的理性抽象，形成概念，上升到科学。正因为如此，托马斯·阿奎那看到了亚里士多德思想可以弥补奥古斯丁主义思想局限的特点，并利用和改造亚里士多德的思想，开始从事批判和改造奥古斯丁主义局限的工作，使西方基督教哲学的发展进入了一个新的阶段。