但1171年北宋灭亡后，中国的政治首都，第一次从沿着黄河流域的东西走向布局，转移到了南北走向。
1279年南宋灭亡后，中国的政治中心从南方的杭州，转移到了元朝位处北方的国都大都（北京）。
此后，从南宋算起，到元、明、清共四个朝代，中国的定都走向，从沿着黄河的东西走向，改变成了沿着京杭大运河的南北走向，其迁移轨迹表现为杭州（南宋）—北京（元）—南京（明朝初期）—北京（明、清），并一直持续至今。
失去了首都的地位后，开封的政治地位一落千丈，这直接导致的后果就是大运河水道的荒废。
早在北宋时期，为了方便接受来自江淮地区的财赋，北宋在依赖黄河之外，除了继续扩大疏浚原来汴河、五丈河两条河道外，又相继开凿了金水河和惠民河两条运河，通过汴河、五丈河、金水河、惠民河等“四大潜渠”加上黄河通联全国各地，开封也因此成为“四方所凑，天下之枢，可以临制四海”的帝都所在。
当时，为了保证各条运河的通畅，北宋政府每隔三五年就要对各条河道进行疏浚，因此尽管各条运河都存在自然的泥沙淤积问题，“虽数湮废，（但仍）通流不绝”。
