次年年初，康熙皇帝对初步方案又做如下补充：一、除青海、四川两路进兵外，新疆也要配合，出兵袭击吐鲁番、乌鲁木齐等地，以分散敌人兵力，使之首尾不能相顾。二、增加兵力，最后确定除青海、蒙古派兵外，清廷出兵两万二千余人，其中青海一路一万二千，四川云南一路一万。另，新疆二万五千。(实际动用不到两万)。三、除青海王公护送之外，其“四十九旗”扎萨克(内蒙古),并喀尔喀(外蒙古)哲卜尊丹巴胡土克图等，亦遣使会送。
康熙皇帝在主持讨论作战方案过程中，发现部分满汉大臣畏敌情绪仍相当严重，他们认为藏地遥远，路途险恶，且有瘴气，不能急于进兵，宜固守边区。对此，康熙皇帝不断开导，指出：“如若西藏被策零敦多布占据，自青海至四川、云南一带也难保全，那时既难于应援，亦不能进取西藏。而我军及早进藏定立法教之后，土伯特众人归服；策妄阿拉布坦发兵前来，系劳苦之兵，我则安逸之兵，即可将其剿灭。”康熙五十九年(1720)正月初五，康熙皇帝向议政大臣等介绍太祖、太宗时满兵征战，英勇无畏、所向立功的业绩；并以自己亲政以来取岳州，征云南，鸟兰布通之战，驱逐噶尔丹等事例，说明决于进战，才得成功的道理。直到最后，部分满汉大臣仍只为保身，不以国事为重，坚持不进兵主张。康熙皇帝于是决意独断，宣布：